Né en 1972 à Genève, Emmanuel Junod est initié à la musique dans la classe de flûte à bec de Florence Boeuf-Albert puis poursuit des études de piano et obtient le certificat d’études terminales dans la classe de Michela Cioccari.

En 1999, il est licencié en Musicologie de l'Université de Genève et écrit un mémoire sur la Fantaisie pour piano op.17 de Robert Schumann. En tant que musicologue, il s'adonne à la présentation d’œuvres classiques sous forme de programmes de concerts ou de présentation orale, et enseigne l'histoire de la musique à l'Ecole Club Migros de Genève. Parallèlement, il s'oriente vers la direction chorale, accomplissant ses études dans la classe de Michel Corboz au Conservatoire de Genève où il obtient en 2000 le Diplôme de Direction Chorale avec un récital constitué des Lieder op. 62 de Johannes Brahms. Dans cette institution, il obtient également les diplômes de solfège, d’éducation musicale et le Certificat d’éléments d’écriture musicale.

Il étudie la direction d'orchestre au Conservatoire de Genève avec Laurent Gay, puis auprès du chef d’orchestre Eric Bauer dans le cadre des Ateliers de Direction d'Orchestre Eric Bauer jusqu’en 2005. Il dirige plusieurs chœurs populaires et classiques avant de fonder en 2004 l'Ensemble Vocal Pierre de Lune dont il est l'actuel directeur musical.

Emmanuel Junod dirige également le Choeur Epsilon de Bellevue et l'Ensemble Vocal Cantoria de Genève. Il est également directeur musical de l’ensemble Opus Vocal qu’il fonde en 2014 : seize chanteurs, professionnels ou amateurs de haut niveau. Pour ces premières apparitions le choeur a déjà montré sa faculté à interpréter aussi bien des chefs d’œuvres du répertoire choral baroque et romantique (Bach, Mendelssohn, Brahms) que le répertoire fin 19e et 20 siècle (Florent Schmitt, Fauré, Debussy, Vaughan Wiliams, Britten).